《雷神之锤4》是Q2的真正续集(因为Q3是完全没有剧情的FPS对战游戏)。玩家将扮演一个名为Matthew Kane的海军陆战队，他是一个名为Rhino Squad的军事组织的成员，他们的任务是防守Stroggos星球并消灭Strogg异型。玩过《Quake》全系列游戏的玩家可能会感到不习惯，因为这是他们第一次知道他们所扮演的角色姓名。Kane的飞船在降落时被Strogg击中，其队员很多都被异型抓去改造成半人半机械的怪物，幸运的Kane在脑部被Strogg植入电脑晶片前被一队海军陆战队及时救出，因此成为一个半人半Strogg的“超人”，之后就开始了其战斗历程。